Samarqand davlat tibbiyot universiteti pediatriya fakulteti 1963 yilda tashkil etilgan. Fakultetning birinchi dekani dotsent N.M.Kamalov tashkilotning dastlabki yillarida pediatriya fakulteti talabalari davolash fakulteti kafedralarida tahsil olishdi. Keyinchalik, tegishli ravishda pediatr mutaxassislarini tayyorlash o'quv dasturida mustaqil pediatriya kafedralari tashkil etildi. 1966 yilda bolalar kasalliklari propedevtikasi kafedrasi, 1967 yilda fakultet pediatriya kafedrasi, 1968 yilda gospital pediatriya kafedrasi, 1970 yilda bolalar xirurgiyasi kafedrasi, 1972 yilda pediatriya fakulteti akusherlik-ginekologiya kursi, 1974 yilda kafedraga aylantirildi, 1973 yilda pediatriya fakulteti terapiya kafedrasi tashkil etildi. 1985 yilda anesteziologiya va reanimatologiya kursi bilan gospital bolalar xirurgiyasi kafedrasi tashkil etildi, keyinchalik neonatologiya, shoshilinch pediatriya kafedralari tashkil etildi.
Pediatriya fakulteti faoliyati davomida dekan lavozimini dotsent N.M.Kamalov, professor P.M.Lerner, professor S.X.Abdullaev, dotsent R.M.Salohitdinova, dotsent G.U.Sharajabov, professor S.A.Boruxov, professor X.M.Mamatqulov, professor R.D.Jabborov, tibbiyot fanlari doktori A.U.Raximov, dotsent A.A.Abdusalamov, dotsent Sh.X.Mavlyanov, tibbiyot fanlari nomzodi, dotsent E.E.Qobilov, professor N.M.Shavazi, hozirgi kunda Pediatriya fakulteti dekani lavozimda dotsent S.A. Karabayev faoliyat yuritmoqda.
O'tgan davr mobaynida fakultet nafaqat O'zbekistonda, balki boshqa ko'plab mamlakatlarda ham yosh avlod salomatligini muhofaza qilish yo'lida fidokorona mehnat qilayotgan 12 ming nafar pediatr shifokorlarini tayyorladi. Fakultet bitiruvchilari orasida ko'plab sog'liqni saqlash tashkilotchilari: viloyat sog'liqni saqlash boshqarmalari boshliqlari, boshliqlarning o'rinbosarlari, viloyat va shahar tibbiyot markazlari bosh shifokorlari, tibbiyot birlashmalari mavjud. 50 dan ortiq bitiruvchilar doktorlik dissertatsiyalarini himoya qilib, turli oliy o'quv yurtlari va ilmiy-tadqiqot universitet va institutlarida faoliyatlarini yuritmoqda.
Hozirgi kunda fakultet tarkibida 16 ta kafedra bo’lib. Bular: 1-son pediatriya va neonatologiya, 2-son pediatriya, 3-son pediatriya va tibbiy genetika, 1-son bolalar xirurgiyasi, 2-son bolalar xirurgiyasi, Nevrologiya, Neyroxirurgiya, Oftalmologiya, 2-son akusherlik va ginekologiya, Travmatologiya va ortopediya, Nurli diagnostika va terapiya, Bolalar kasalliklari propedevtikasi, Xirurgik kasalliklar, Klinik laborator diagnostika va DKTF klinik laborator diagnostika kursi bilan kafedrasi, Pediatriya ichki kasalliklar va Yuqumli kasalliklar kafedralari. Fakultetda faoliyat yuritayotgan 188 nafar professor - o'qituvchilardan 97 nafari (51,87%) ilmiy darajaga ega, shu jumladan fan doktorlari 25 nafar (13%), fan nomzodlari 54 nafarni (29%) tashkil qiladi.
Fakultet bitiruvchilaridan - professor I.A.Axmedjanov, professorB.B.Negmatdjanov, professor N.M.Shavazi, professorA.T.Jo'rabekova, professor S.K.Abduraxmonov, professor T.A.Bobomuratov, tibbiyot fanlari doktori M.N.Abdullayeva, tibbiyot fanlari doktori L.A.Muxammadiyeva, tibbiyot fanlari doktori D.T.Rabbimova, professor D.O.Atakulov, professor Yu.M.Axmedov, dotsent F.Sh.Mavlyanov kabi ustoz murabbiylar va o’z sohasining yetuk mutaxassislari faoliyat yuritib kelmoqdalar.
Bugungi kunda fakultetda 1831 nafar talaba tahsil olmoqda. Ta'lim o'zbek, rus va ingliz tillarida, 5510200 - “pediatriya ishi” yo'nalishi bo'yicha shifokor – umumiy pediatrning malaka tavsiflari talablariga muvofiq olib boriladi.
Talabalar orasida bilimli va intiluvchan yoshlarni qoʼllab quvvatlash maqsadida universitet tomonidan joriy etilgan universitet Rektori stipendiyasi va boshqa nomdor stipendiyalariga har yili tanlovlar oʼtkaziladi
Hozirgi kunda fakultetda Yoshlar bilan ishlash bo’yicha dekan o’rinbosari А.R.Ergashev; o’quv ishlari bo’yicha dekan oʼrinbosarlari: M.N.Nuritdinov, M.M.Yusupov, T.Sh.Shokirov, G’.A.Yakubov va O.S.Nurmatovlar talabalarning kundalik hayoti, dars jarayonlari va universitet hayotidagi faolligini doimiy nazorat qilib kerakli maslahatlar berib kelmoqdalar. Fakultetda talabalarning har bir semestr uchun umumiy soni 99,5 – 99,8% dan kam bo'lmasligi, fanlar bo'yicha yuqori sifatli o'zlashtirish ko'rsatkichi 80 – 90% ni tashkil etishi va takomillashtirish davom etmoqda.
Pediatriya fakultetida turli vaqtlarda dekan o'rinbosarlari lavozimida: professor F.K.Xannanova, professor S.A.Boruxov, professor M.A.Axmedov, professor A.E.Mamatov, professor M.K.Azizov, dotsent M.T.Nasekin, dotsent A.M.Rasulov, dotsent V.R.Lemelev, dotsent Sh.K.Dehqonov, dotsent Sh.X.Mavlyanov, tibbiyot fanlari nomzodi J.T.Turaqulov, dotsent A.Y.Yazdanov, dotsent U.X.Shodiev, tibbiyot fanlari nomzodi, dotsent K.T.Sovetov, dotsent S.J.Yuldashev, dotsent Q.M.Xalikov, dotsent A.X.Jalilov, dotsent X.A.Tilyakov, assistent A.R.Usanov, assistent R.X.Xoliyev, assistent B.A.Djumanov, assistent A.A.Samadov, assistent A.N.Narmuradov va boshqalar ishlab kelgan.
Fakultet olimlari tomonidan olib borilgan ilmiy ishlar har doim ilmiy-pedagogik kadrlar tayyorlash va amaliy sog'liqni saqlash talablari bilan uzviy bog'liqdir.
Ta'kidlash joizki, fakultet olimlari o'z ilmiy izlanishlarini amalga oshirish uchun grant buyurtmalari tanlovlarida ishtirok etadilar. Bolalar xirurgiyasi, Neyroxirurgiya, Xirurgik kasalliklarkafedralari jamoalari boshqalarga misol bo'la oladi.
2022-2023 yillarda tugallangan tadqiqot ishlari natijalariga ko'ra, 4 ta doktorlik va 15 ta PhD dissertatsiya himoya qilindi, 826 ta ilmiy ishlar, xususan, respublika jurnallarida 331 ta, chet elda 269 ta, 41 ta monografiya, 42 ta o'quv qo'llanmalar, 108 ta o'quv - uslubiy tavsiyanomalar, Scopus va WoS jurnallarida 18 ta maqola, 17 ta darslik dastur ishlab chiqilgan.
Iqtidorli talabalar bilan ishlashga katta e'tibor qaratilmoqda, 2023 yilda 150 dan ortiq talabalar iqtidorli talabalar guruhiga qabul qilindi; ular talabalar ilmiy to'garaklari ishida faol ishtirok etib, universitetni respublika olimpiadalarida namoyish etdilar, universitet, respublika va xalqaro ilmiy anjumanlarda ma'ruzalar qildilar, nashrlar, medallar va diplomlar bilan taqdirlandilar.