Курс детской хирургии был организован в 1966 году при кафедре факультетской хирургии СамМИ по инициативе ректора М.Н. Хаитова, проректора профессора О.К. Вахобова, декана педиатрического факультета профессора Н.М. Камолова, заслуженного деятеля науки Узбекистана профессора Ф.М. Голуба и доцента М.А. Ахмедова. На базе 1-й клиники СамМИ было открыто детское хирургическое отделение на 30 коек. Руководителем курса был избран доцент М.А. Ахмедов, ассистентами приняли М.Г. Асадулину, И.П. Прохорову и У.У. Умарова.
профессора М.А. Ахмедова
К 1970 году курс был преобразован в кафедру, заведующим избран проф. М.А. Ахмедов. Он — заслуженный деятель науки Республики Узбекистан, заслуженный работник здравоохранения Республики Узбекистан, почётный член Ассоциации детских хирургов России, автор более 400 научных трудов, включая 6 научных сборников, 18 учебных и учебно-методических пособий, 12 методических статей, 10 изобретений, 14 рационализаторских предложений, 19 публицистических работ. За 30 лет руководства кафедрой под его непосредственным руководством защищены 6 докторских и 10 кандидатских диссертаций. Всего за это время было защищено 10 докторских и 19 кандидатских диссертаций.
С 1973 года на кафедре начался приём в клиническую ординатуру по специальности «детская хирургия». По инициативе профессора М.А. Ахмедова и сотрудников кафедры в числе первых в республике в диагностике и лечении детских хирургических заболеваний было внедрено использование лазерных технологий. В этой области выполнена 1 докторская и 2 кандидатские диссертации. В 2021 году состоялась международная научно-практическая конференция, посвящённая 95-летию со дня рождения профессора М.А. Ахмедова. На территории областного многопрофильного медицинского центра, где он долгое время работал, был установлен его бюст, а кафедре детской хирургии № 2 присвоено его имя.
профессор И.А. Ахмеджанов
Профессор М.А. Ахмедов снискал уважение сотрудников и студентов благодаря вкладу в организацию кафедры, разработку учебных программ, формирование педагогического коллектива, воспитание творческой атмосферы и сохранение восточных традиций. В 1990 году кафедра была переведена в областную многопрофильную детскую больницу (ныне — областной многопрофильный медицинский центр), где успешно функционирует до настоящего времени. В учебном процессе широко применяются модульно-кредитная система, дистанционные методы обучения, современные педагогические технологии, включая интерактивные игры и электронные учебники.
С 1995 по 2013 годы кафедрой руководил профессор И.А. Ахмеджанов, внёсший значительный вклад в развитие учебной и научной деятельности. Он является автором более 250 научных работ, в том числе учебника «Детская урология» для студентов медицинских вузов, 22 учебных и учебно-методических пособий, 1 авторского свидетельства, 4 патентов и 17 рационализаторских предложений.
профессор. Ю.М. Ахмедов.
В 2005–2013 годах кафедра носила название «Кафедра факультетской детской хирургии и лучевой диагностики». В 2013 году объединена с кафедрой госпитальной детской хирургии и продолжила работу под названием «Кафедра детской хирургии». С сентября 2020 года кафедра стала называться «Кафедра детской хирургии № 2». Заведующим избран профессор Ю.М. Ахмедов.
Кафедра оказывает практическую и методическую помощь в лечебной работе Самаркандского областного многопрофильного медицинского центра и отделения детской хирургии РСХТЁИМ СФ, а также активно участвует в санитарной авиации и шефской работе в районах области.
Кафедра поддерживает научные связи с медицинскими вузами Москвы, Санкт-Петербурга, Донецка, Алма-Аты, Душанбе, Ташкента, Андижана. С момента основания кафедры было защищено 12 докторских и 26 кандидатских диссертаций, из них 10 кандидатских и 4 докторских — в рамках целевой аспирантуры и докторантуры.
В настоящее время на кафедре работали и работают: профессор Ю.М. Ахмедов, профессор И.А. Ахмеджанов, доценты Ш.Х. Мавлянов и Ф.Ш. Мавлянов, старший преподаватель У.Х. Хаитов, ассистент PhD И.Ю. Ахмедов, ассистенты М.Ш. Мирмадиев, С.А. Шодмонов, Н.Н. Мавлонов, Д.О. Адукахорова, С.У. Мухсинов.